После исследования проект "Геката" надо будет дважды встать на сторону Харлсона, откроется еще одно исследование.

Также по аналогии с pandoran goo, что описано выше, нужно будет убить и затем поймать сирену с вирусной способностью. Исследование пандоранская вирусная инфекция.

Заглючить могу не только накопительные.
Например, не мог получить трофей за цитадель, много раз загружал сохрание перед завершением миссии.
Трофей выпал когда закрыл игру и загрузил тоже сохрание.
Обязательно сохраняйтесь перед получением трофеев.

Долго не мог получить трофей пока не использовал спустить курок за тяжа именно с пулиметом, до этого пробовал с тором.

Дошел до дипломатических заданий которые открываются после исследований на уровне дипломатии 100.
На всякий случай откатил уровень дипломатии всех фракций до менее 74 имитируя атаки (начинал миссию и тут же эвакуировался).
После исследования вирофага дипломатия сбросилась еще на 50.
Трофей по итогу получил.

Никакие комбинации с сохраненями и загрузками мне не помогали. Трофей выпал когда в одном прохождении собрал почти все комбинации сразу.