Не забывайте забирать тайники во вражеских базах!

Видеогайд (en) по всем тайникам.

Есть глючные базы где тайник не отображается, лечится перепрохождением базы

Если не лечится перепрохождением, то пробуйте пройти другую миссию и вернуться. Мне помогло

Update для тех, кто из 2021го. Сундуки на базах до сих пор глючат, и не похоже уже, что это исправят.

Знайте, что для трофея учитываются только те тайники, которые отмечены на карте + 3 тайника на каждой из баз. Если прошли базу и нигде не видите сундука - это означает, что вам будет необходимо перезапустить данную базу. Всегда держите в голове, что последние 3 тайника точно находятся на базах подполья, а остальные должны быть отмечены на карте.

По сюжету в разных локациях вам могут попадаться ЕЩЕ тайники подполья, но они дают вам только детали, а в счет трофея не идут.

В убежище подполья тайник за мусорным баком появляется лишь в том случае, когда убежище не зачищено.

Видеогайд (en) по базам Роксона..

Текстовый гайд (ru).

Если пропустили тайник в логове и прошли его, просто перезапускайте логово, лутайте сундук (можно посмотреть видео) и, как только залутали сундук, нажимайте прервать задание.
Сундук зачтется, а вам не придется еще раз зачищать локацию.
Но советую сперва пройти задания на ликвидации с потолка и со стен. Эти локации подходят лучше всего.