Текстовый гайд (en).

Важное уточнение: нужно не просто, чтобы на карте появилась иконка пещеры, а нужно именно зайти внутрь, чтобы на экране появилось название пещеры. Полностью исследовать всю пещеру до конца не нужно

Самый простой способ: проходите игру как хотите, в нг+ открывается вся карта и видны все пещеры, кликаете на пещеру, если видно карту пещеры значит вы её уже прошли, если не видно значит нет, бегаете зачищаете оставшиеся, либо просто открываете и трофей ваш.

До сдачи драконьих кристаллов (точка невозврата), открываете интерактивную карту и быстро находите эти пещерки, в игре их очень очень много, но большинство очень легко можно пропустить. Второй, третий и т.д. выходы нет смысла открывать. На НГ+ карта хоть и открывается, но если вы ни разу не были в пещере или рядом не проходили, то на карте она не появится.

Еще внимательно смотрите, есть пещеры, которые не сделаны (вход засыпан) и на интерактивных картах они отмечены в описании, как "для будущих обновлений", они не идут в зачёт