Для трофея нужно не просто увидеть/отсканировать дигимона, а именно в какой-то момент игры иметь его у себя в наличии.
Достичь этого можно либо путем Digivolve, либо через Convert Data (Создание нового дигимона).
В Field guide в правом верхнем углу можно проверить скольких вы видели и скольких вы зарегистрировали.