Рекомендую достраивать (хотя бы 3й 4й и 5й) в третьем акте: ковчеги много весят и их нельзя удалить с базы, что влияет на передвижение между актами. В 3 локации это уже не имеет значения и времени будет достаточно чтобы построить все что нужно.

С ресурсами в 3 акте беда по сравнению со 2-м. Если во 2-м акте полно месторождений откуда можно качать ресурсы, то в 3-м их только 2: обогащенный металл и минералы, поэтому лучше строить ковчеги во 2-м акте.